Το μικροσκόπιο είναι μια από τις μεγαλύτερες εφευρέσεις της ανθρωπότητας. Πριν από την εφεύρεσή του, οι ανθρώπινες ιδέες για τον κόσμο γύρω τους περιορίζονταν στη χρήση γυμνού οφθαλμού ή στο κράτημα φακών για να βοηθήσουν να δούμε με γυμνό μάτι.
Τα μικροσκόπια έχουν ανοίξει έναν εντελώς νέο κόσμο στην ανθρώπινη όραση, βλέποντας για πρώτη φορά την εσωτερική λειτουργία εκατοντάδων «νέων» μικροσκοπικών ζώων και φυτών, από ανθρώπινο σώμα έως φυτικές ίνες. Η μικροσκόπηση βοηθά επίσης τους επιστήμονες να ανακαλύψουν νέα είδη και βοηθά τους γιατρούς να αντιμετωπίζουν ασθένειες.
Τα πρώτα μικροσκόπια κατασκευάστηκαν στην Ολλανδία στα τέλη του 16ου αιώνα. Οι εφευρέτες ήταν ο Yas Jensen, ένας Ολλανδός οπτικός ή ένας άλλος Ολλανδός επιστήμονας, ο Hans Lipsch, ο οποίος κατασκεύασε απλά μικροσκόπια με δύο φακούς, αλλά δεν έκανε καμία σημαντική παρατήρηση με αυτά τα όργανα.
Δύο άνθρωποι αργότερα άρχισαν να χρησιμοποιούν μικροσκόπια στην επιστήμη. Ο πρώτος ήταν ο Ιταλός επιστήμονας Galileo Galilei. Περιέγραψε αρχικά ένα έντομο μέσω μικροσκοπίου μετά από τα σύνθετα μάτια του. Ο δεύτερος ήταν ο Ολλανδός έμπορος λευκών ειδών Leeuwenhoek (1632-1723), ο οποίος έμαθε ο ίδιος να ακονίζει τους φακούς. Για πρώτη φορά, περιέγραψε πολλά μικροσκοπικά φυτά και ζώα αόρατα με γυμνό μάτι.
Το 1931, ο Ernst Ruska έφερε επανάσταση στη βιολογία αναπτύσσοντας ένα ηλεκτρονικό μικροσκόπιο. Αυτό επιτρέπει στους επιστήμονες να παρατηρούν αντικείμενα τόσο μικρά όσο τα εκατομμυριοστά του χιλιοστού. Το 1986 τιμήθηκε με το βραβείο Νόμπελ.