Η μεγέθυνση ενός βιολογικού μικροσκοπίου είναι συνήθως χαμηλή και κυμαίνεται από 40x έως 1000x. Αυτό συμβαίνει επειδή τα βιολογικά δείγματα είναι συνήθως διαφανή και απαιτούν μέτρια μεγέθυνση για την παρατήρηση των δομών των κυττάρων και των ιστών.
Σε ένα βιολογικό μικροσκόπιο, η μεγέθυνση καθορίζεται από το συνδυασμό του αντικειμενικού φακού και του προσοφθάλμιου φακού. Οι συνήθεις μεγεθύνσεις αντικειμενικού φακού περιλαμβάνουν 4x, 10x, 40x και 100x, ενώ ο προσοφθάλμιος έχει συνήθως μεγέθυνση 10x. Επομένως, η μέγιστη μεγέθυνση ενός τυπικού βιολογικού μικροσκοπίου είναι 100x αντικειμενικός πολλαπλασιαζόμενος επί 10x προσοφθάλμιο, που ισούται με 1000x.
Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι η μεγέθυνση ενός βιολογικού μικροσκοπίου δεν είναι τόσο υψηλή όσο αυτή ενός ηλεκτρονικού μικροσκοπίου, επειδή τα βιολογικά δείγματα είναι συχνά πολύπλοκα στη δομή και η διαδικασία παρατήρησης απαιτεί τη διατήρηση της βιωσιμότητας και της ακεραιότητας των δειγμάτων. Επιπλέον, η ανάλυση ενός βιολογικού μικροσκοπίου είναι επίσης κρίσιμη καθώς οι βιολογικές δομές είναι συχνά πολύ μικρές και απαιτούν υψηλή ανάλυση για την παρατήρηση λεπτών λεπτομερειών.
Σε ορισμένες εξειδικευμένες εφαρμογές που απαιτούν μεγαλύτερη μεγέθυνση, όπως η παθολογική έρευνα ή η μικροχειρουργική, ο προσοφθάλμιος φακός μεγαλύτερης μεγέθυνσης (π.χ. 16x ή υψηλότερος) μπορεί να χρησιμοποιηθεί σε συνδυασμό με κατάλληλους προσοφθάλμιους φακούς για να επιτευχθεί μεγαλύτερη μεγέθυνση. Ωστόσο, αυτές οι παρατηρήσεις υψηλής μεγέθυνσης απαιτούν συνήθως πιο πολύπλοκες τεχνικές προετοιμασίας δειγμάτων και μικροσκοπίας και απαιτούν μεγαλύτερη επιδεξιότητα από τον χειριστή.